粪便无害化处理的目的是杀灭粪便中的寄生虫卵、病原菌和蝇蛆，使有机物无机化，失去腐败和发臭的性能，多肥并提高肥效。我国北方农村推广应用的堆肥方法，可以做到无害化处理的目的。
堆肥可分好氧性与厌氧性两类。在形式有平地的、坑式的、坑式的多种，因时因地而异，各有优缺点。其原球基本相同，都是利用微生物对肥料中的有机物质进行分解转化，使之变成植物易于吸收的无机物和腐植质（腐植质是：壤中的有机成分，呈暗褐色，质疏松，无臭味，含氮量高，稳定，不易产生腐败分解，在卫生上是无害的。在氧气特充分的条件下，经微生物作用，可缓慢分解为无机物)。堆肥过程中可产生高温，加上微生物的拮抗作用使致病菌寄生虫卵、蝇卵死亡，而达到无害化的目的。各种微生物体内不同的酶能够分解不同的有机物质，整个发酵腐熟过程可分三个阶段：
1、温度上升期，堆肥的初期，好氧微生物繁殖旺盛，容易分解的简单有机物质迅速分解，同时大量地产热，使堆温度不断上升，一般3～5天可达到50℃～60℃。
2、高温维持期，温度达到50℃以上后，便维持在一范围内，此时好高温菌活动旺盛，使肥料中复杂的有机物被分解，腐植质开始形成。
3、温度下降期：随着有机物质被分解，产热减少，堆温逐渐下降，最后大多数有机物质被分解转化，形成腐植质，肥料腐熟。在堆肥发酵过程中，温度可以上升到50～60℃以上，井持续1～2周，而一般危害人、畜和农作物的致病菌，寄生虫卵、蝇蛆及害虫的致死温度，都在50～60°℃之间，因而可以消灭各种病菌、害虫。所以利用堆肥方法处理人畜粪便，既能提供质好量多的肥料，支援农业，叉能保障人民健康，改善环境卫生，应当积极推广应用。
