抗菌素在防治微生物感染性疾病上，确实具有一定的效果。但是，事物都是一分为二的，抗菌素有它一定的长处，也必然有一定的短处，如果不加区别地随便使用，甚至乱用滥用，那就会走向事物的反面，甚至造成严重的坏影响。资本主义国家把抗菌素吹得神乎其神，似乎离开了抗菌素感染性疾病就无法控制，因此滥用抗菌素的现象非常严重，甚至有的资本家把抗菌素放在化妆用品或牙膏中使用，从中牟取高额利润，人民深受其害。我们是融会主义国家，自然度有这些资本主义的弊病。但是在抗菌素的使用中，也有一个防止不合理应用的问题。例如，不注意严格地掌握抗菌素的适应证，因而对于某些抗菌素不敏咸的细菌或病毒城染也盲目使用抗菌素，有时把抗菌素当做常规的“退烧药”，或者淀有全面掌握抗菌素的不良反应，随意加大用量或延长疗程，结果既浪费药物又造成耐药菌的产生，甚至可能给病人带来严重的后果。
所以合理应用抗菌素是一个应该重视的问题。抗菌素有以下缺点：
1、发生过敏反应：过敏反应是应用抗菌素后较常见的不良反应，几乎大部分抗菌素都有这种缺点。过敏反应多见于使用青霉素、链霉素、多粘菌素、灰黄霉素之后。一般过数反应表现有发热、皮疹、血管神经性水肿、淋巴结肿大、哮喘或胶元性疾病等，严重的可发生过敏性休克。
2、出现毒性反应，链霉素类和多粘菌素B等都对第八对脑种经有明显的毒性，中毒时表现眩晕、耳鸣或耳聋。氯霉素、合霉素可引起严重失眠、幻觉、定向力障碍、狂躁等精神症状，还能抑制骨髓造血系统，引起白细胞减少等。四环素类抗菌素可出现恶心、呕吐、腹胀、厌食等胃肠道反应。许多抗菌素还对肝、肾功能有损害或有局部刺激性。
3、引起二重威染：长期应用抗菌素，由于抑制了体丙敏咸细菌的繁殖，而一些对抗菌素不敏成的微生物大量生长繁殖起来，可造成胃肠道、呼吸道、泌尿道等处新的成染，称为二重威染。二重咸染多见于应用广谱抗菌素之后。
4、耐药菌株的产生：由于抗菌素应用不合理，耐药菌有所增加，如葡萄球菌、绿脓杆菌、变形杆菌、大肠杆菌、痢疾杆菌、结核杆菌尤为突出，由这些耐药菌引起的感染，给临床治疗带来更大的困难。
5、消耗和浪费粮食：毛主席教导我们要“深挖洞、广积粮，不称霸”。在制造抗菌素过程中，需要用粮食去培养产生抗菌素的微生物，生产一吨青霉素需消耗44～140吨粮食；生产一吨庆大霉素需耗赖190吨。使用1千万单位青霉素，等于用粮1～2斤。为生产抗菌素，每年要动用大量粮食。所以说，滥用抗菌素实际上就是浪费粮食，是不符合“备战、备荒、为人民”的精神的。
6、不利于巩固和发展合作医疗。我们一定要学会合理地应用抗菌素，这不仅是一个简单的医疗问题，而是一件具有重要政治意义和经济意义的大事。
