肠结核最好发生于回盲部肠管，其次为升结肠，这与该部位肠管的解剖生理特点有关。生理情况下，肠内容物经过回盲部以前在回肠末端停留的时间较长，同时结肠近段有逆蠕动，使肠内容物停留时间更久，以至使含结核杆菌的肠内容物和回盲部粘膜接触的机会增多，有利于结核杆菌的侵袭。另外，回盲部肠管淋巴组织丰富而结核病的特点是首先使犯淋巴组织，因此回盲部成为肠结核病变的好发部位。
肠结核的病理变化主要是在上述部位肠粘膜发生溃疡(结核性溃疡）或增殖性炎症，成为对肠管的持续性刺激。小肠的运动(蠕动)受交感精和迷走神经的双重支配。肠内慢性病变的存在使刺激持续不断地传入大脑皮质，使大脑皮质调节植物神经系统的功能失调，迷走神经兴奋，使肠管运动增强、水分吸收减少而发生腹泻。迷走神经中枢兴奋过久，可引起负诱导，转为抑制，于是肠管肌肉由痉挛转为弛缓，蠕动减弱，产生弛缓性便秘。干燥坚硬的粪块，刺激肠管，又引起迷走神经的兴奋，于是重新引起腹泻，这样就造成肠结核时腹泻与便秘交替出现的症状。虽然这种腹泻和便秘交替出现的症状是肠结核的临床特点之一，但在其他原因所引起的慢性腹泻也可出现类似情况，因此需要结合病史及其他表现加以鉴别。
