疾病发生的原因是什么?对这个问题，在医学发展过程中有着激烈的争论。一种是纯外因论的机械唯物论和形而上学的看法，只强调外因在疾病发生上的作用，忽视机体在抗病斗争中的积极主动作用，另一种是辩证唯物论的看法，从人体与其生活环境（包括自然环境与社会环境）的统一性出发，认为疾病是机体与外界致病因子相互作用的结果。显然，前一种看法是错误的，后一种看法是正确的。
既然疾病是机体与致病因子相互作用的结果，那么引起疾病的原因必然包括内因和外因两个方面。如何正确理解内因和外因在疾病发生上的辩证关系呢?首先，任何疾病总是由一定的病因引起的，没有原因的疾病是不存在的。引起疾病的外因种类很多，包括病原生物（如病原微生物，寄生虫等)，理化性因素（如外伤、高温、严寒、放射能、化学毒物等），某些机体必需物质的缺乏（如缺氧、维生素缺乏等）以及外界环境和气候的变化等。外因的作用在疾病发生发展过程中是十分重要的，它决定着疾病的性质。但是“唯物瓣证法认为外因是变化的杂件，内因是变化的根据，外因通过内因而起作用”因此，外因在通常情况下，也只有通过内因（主要指机体反应性，包括神经系统机能状态、免疫性和变态反应、遗传因素、机体的防御机能等）才能起作用。例如肺炎球菌是引起大叶性肺炎的外因，但40～70%健康人的鼻咽腔内可带此菌而不发病，只有当机体抵抗力降低时才能致病。
由此可见，机体抵抗力的强弱（内因）是疾病是否发生的关。祖国医学对病因的认识有“正气内存，邪不可干”，“邪之所凑，其气必虚”的看法，也说明了外因和丙因在疾病发生上的辩证关系。
祖国医学对于病因的理论有许多记载，指出引起疾病的外因有六淫(风、塞、暑、湿、燥、火等气候变化)、疠气（相当于病原生物、化学等致病因素）等。内因有七情(喜，怒、忧、思、悲，恐、惊)，均可成为致病因素。人的精神状态又是同疾病作斗争中极其重要的因素。
最后，还必须看到社会因素对疾病发生的重要影响。在阶级社会里，耻会制度、政治路线，对劳动人民的精神状态、生活、生产劳动以及健康均有重大影响。解放前，三座大山的压迫，使广大劳动人民贫病交加，疾病猖獗流行。解放后，在毛主席无产阶级革命路线光辉照耀下，人民生活不断提高，劳动条件不断改善，通过发展体育、开展爱国卫生运动，大力防治疾病等措施，许多疾病大为减少或得到控制，有些疾病已经消灭或基本消灭，人民的健康得到了可靠的保证。无产阶级文化大革命以来，毛主席关于“把医疗卫生工作的重点放到农村去”的伟大指示得到深入贯彻，广大农村卫生面貌正在迅速改变，卫生革命蓬勃发展，这些必将更进一步增强广大人民的体质，大大减少疾病的发生。
