婴儿期往往容易发生消化不良，其原因主要由于：
1、婴儿消化器官尚未发育完善，各种滑化腺的分泌机能不成熟，且分泌量较少，一些消化酶缺乏或不能很好地发挥作用。如婴儿期胃液的酸度较低，不能使胃蛋白酶发生作用，牛乳中的蛋白质含量较人乳为高，所以牛乳喂养不如人乳喂养容易消化；又如生后三个月丙淀粉酶及脂肪酶分泌少，故一般主张生后二个月后才能开始加淀粉类食物。总之，婴儿对食物的耐受力较小，对食物质量的变化不能很好地适应。
2、小儿时期生长发育迅速，对食物的需要量相对地远较成人为多，所以消化器官的工作处于紧张状态，因此，任何一种不良的因素，均容易引起胃肠道的机能紊乱。尤其目前生活水平普遍提高，物资供应丰富，家长不愿让孩子多吃快长，如果过分增加营养，喂养不当，超过了婴儿消化功能的负担能力，往往引起消化不良，应引起注意。
3、婴儿大脑皮质的调节机能向未成熟，皮质下中枢也极不稳定，加上各系统器官以及内分泌体液调节都还不完善，因此外界环境的不利因素如肠道内外的污染、过热受凉、喂养不当等，比较容易引起小儿整个机体代谢紊乱，特别是胃肠道机能失调，所以婴儿期很多疾病往往都有吐泻的症状。
由于婴儿有以上的解剖生理特点，小儿时期胃肠功能较成人及年长儿为弱，但决不能认为这个弱点是不能克服的，只要我们注意提高小儿的抵抗力，在喂养上经过一个循序渐进的过程，婴儿消化不良发病率是可以大大下降的。
