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口腔和食管上段的肌肉以及肛门外括约肌，是随意肌，受躯体运动神支配，可随意运动；其余的消化管都是平滑肌，由植物性神经支配；副交成种经，主要是迷走神经中的副交威纤维，从延髓发出后，分布于食管、胃、小肠及大肠上段；还有从骶部脊髓发出的盘种经，支配横结肠以下的肠管。交成神经，主要是由胸部脊髓发出的内脏神经，分布于大肠上段以上各部位；还有从腰部脊髓发出的腹神经经，支配横结肠以下的肠管。
1、副交成神经：迷走神经和盆神经兴奋时，提高胃肠平滑肌的紧张性，加强蠕动；而括约肌却舒张，从而增强机械性消化作用；支配胃肠平滑肌的这些副交成神经属胆碱能神经，末梢释放的乙酰胆碱，使平滑肌兴奋性增高，收缩加强。乙酰胆碱释放后，很快就被胆碱酯酶分解而失效。因此，有些腹痛、腹泻的病人，可用题茄类药物治疗，因为这类药能对抗乙酰胆碱的作用。新斯的明和有机磷能对抗胆碱酯酶的作用，故临床对胃肠机能减弱的病人（如消化道手术后，所造成的腹胀和肠瓶痹等）可用新斯的明处理，而有机中毒靠时，由于乙酰胆碱的蓄积，相当于副交成神经过强而持久的兴奋，使胃肠活动增强，出现腹痛、腹泻等症状，需要用阿托品等药来治疗。
2、交成神经：内脏神经和腹下神支配胃肠道的神经末梢释放去甲肾上腺素，使平滑肌受抑制，表现为胃肠的紧张性降低，蠕动减弱，而括约肌收缩加强。疼痛或情绪激动（如惊恐、愤怒、忧郁）时，交成神经系统兴奋，胃肠活动受抑制，胃排空减慢，故食欲和消化力可受影响；植物性神经调节胃肠道的运动，两种神经的作用是对立统一、相反相成的。针刺疗法治疗胃肠道疾病，可收到很好的效果，其原理可能与调整交威和副交成神经的机能有关。
