血栓形成对机体的影响有两方面：
1、有利方面：血管外伤和外科手术时，血栓形成可以帮助创口闭合，使小血管出血停止，故有止血和帮助血管修复的作用；另外，当细菌侵犯局部时，可因有血栓形成而防止威染扩散，有利于威染的局限化。
2、不利方面：大多数情况下，血栓形成对机体是不利的。至于有害的程度，决定于对血流的影响，如血栓的大小；血栓的位置、血栓形成的速度以及是否有栓子脱落等。
有些组织和器官，如骨骼肌有丰富的侧枝循环，肝脏有双重血液供应，较小的血栓形成后常不引起严重后果。体表静脉纵横交错，彼此网络，侧枝极丰富，形成的血栓即使完全或大部阻塞管腔（包括手术时结扎)，亦无影响。下肢隐静脉曲张时，虽有血栓形成，因它与深部静脉相交通，有良好的侧枝可供血液回流，也可以不出现明显的循环障碍，当静脉曲张严重时，手术将其完全截除亦无妨碍。但是髂静脉内有血栓形成时，由于此处侧枝循环不多，则可引起下肢静脉血回流的严重障碍。
有些器官，如脑、心脏的动脉，因粥样硬化而有血栓迅速形成时，则会造成明显的结构破坏和机能障碍。如脑软化可引起偏瘫（牛身不遂)_，冠心病引起心肌梗塞等。不过，如果血栓形成缓慢，脏器血管的侧枝循环逐渐形成，且足以供应器官所需要的血量时，即使稍大的血管有血轻形成或阻塞，亦可不表现临床症状。
为了减轻血栓形成后对机体的影响，临床常应用一些药物以及物理疗法，以达到增加患部血流供应的目的，例如应用活血化瘀药、抗凝血药和血管扩张药等，这样就改善了局部血液循环，减轻了症状，最后可获得痊愈。
