饮水机方便、快捷，给人们的生活带来了很大的便利，可是饮水机也存在很多健康隐患。
健康饮用水应符合以下要求：不含致病菌、重金属和有害化学物质，含适量矿物质和微量元素，含新鲜适量的溶解氧，偏碱性，水的分子团小、活性强。
饮水机大都配有加热胆，这使饮水机使用起来更方便，但也使其存在以下问题。
结垢。饮水机中容易出现水垢，特别是在水质硬度较高的地区。出现的白色沉淀物大部分是碳酸盐类。这些物质的存在会影响热交换的效率，结垢严重时，还会带来安全隐患。因此饮水机要及时除垢。
“千滚水”。饮水机的加热温度一般为85~95℃，没有达到沸腾的程度。但是长期加热会对水的活性产生影响，因此加热时间越长，水的活性越差，俗称“老化水”。因此在长时间不饮用热水时，应关掉电源，除了省电，还能避免水活性的丧失。
饮水机中含亚硝酸盐。由于水中都含有硝酸盐，当饮水机微生物污染严重时，会促使硝酸盐氮转化为亚硝酸盐氮。
加热胆的材料导致有害物质析出。多数正规企业生产加热胆所使用的材料是不锈钢，符合国家相关卫生标准，不会有有害物质析出。而一些假冒伪劣产品使用的是不卫生材料，经热水浸泡后，有害物质可以被溶解出来，危害健康。
使用饮水机真正的健康隐患其实是二次污染。每款饮水机都有5个与外界相通的部分，即两个龙头、进水口、空气口、排污口。饮水机的二次污染主要是空气中的粉尘携带大量的微生物、藻类等随着空气进入饮水机，特别是空气口、排水口容易形成死角，微生物在此大量繁殖，同时也污染桶装水。
饮水机必须定期清洁，一般2~3个月清洗一次，清洗时要找专业人员，自己清洗时要使用专用的微酸性清洗消毒液。另外，饮水机里的水要尽快用掉，最好1周内用完。
