小米辣的性状鉴别：果实近圆锥形，长2~5cm，直径1cm，顶端渐尖，基部稍圆，带有宿萼及果柄。果皮带革质，干缩而薄，外表鲜红色或橙红、红棕色，有光泽，隐见不规则的网状纹理。内部空，由中隔分隔成2~3室，中轴胎座，每室有多数黄色的种子；种子扁平，呈肾形或圆形，一端呈鸟喙状。气特殊，具催嚏性，味辛辣如灼。
小米辣的显微镜鉴别：果皮横切面：外果皮细胞呈切向延长，被角质层。下表皮细胞2~3列，呈镶嵌状排列，壁颇厚，略弯曲。中果皮薄壁细胞类方形，壁微波状弯曲，并散有小型维管束。内果皮由石细胞组成，类方形、长方形或长条形，偶见短的分叉，壁较薄，壁孔呈念珠状，层纹明显。下果皮和中果皮细胞内充满油滴，直径2～50μm，橙红色或橙黄色，发亮。
小米辣的种子横切面：种皮石细胞一列，大型，壁“U”形增厚，外壁甚薄，非木化，侧壁及内壁极度厚化、木化。色素层细胞1列，类方形，较小，内含黄色色素颗粒物。胚乳细胞多角形，充满湖粉粒及脂肪油滴。胚根及子叶位于横断面两端，其组织已略有分化。
小米辣的理化鉴别：取本品粉末0.25g，加5ml醋酸乙酯，振摇，浸24h，滤过，滤液蒸干，残渣加10ml0。02mol/L氢氧化钠80%甲醇液搅拌溶解，滤过，滤液置25ml容量瓶中，并加上述溶液至刻度，摇匀，以0.02mol/L氢氧钠80%溶液为空白，测定紫外光谱，在248±2nm与294±2nm的波长处有最大吸收。
