性状鉴别（1）皱皮木瓜：果实多纵剖成两半，长4~9cm，直径2.5～4cm，果肉厚至1cm。外表面棕红色或紫红色，多不规则深皱纹，剖面边缘向内卷曲；剖开面淡红棕色，中央有凹陷的子房室，每室含种子10～20粒，极易脱落，质硬。味微酸涩。
（2）毛叶木瓜：果实为对半纵剖的半圆柱形﹐长8～12cm，宽5～6cm；果皮表面黄色略带红晕，并微有光泽，具不规则的深皱纹，剖面较平坦或内陷，中心部位或可见凹陷的子房室，种子常脱落，脱落处表面平滑而光亮。果肉微有清香气，味酸微涩。
（3）西藏木瓜：果实为长圆形或梨形的梨果，多纵切成2～4瓣。长6~11cm，直径3～5cm。外表面红棕色或灰褐色，饱满或皱缩。剖开面可见大部分子房，果肉较薄。外形饱满者肉疏松呈海绵状，外形皱缩者果肉较密。种子多数密集，每室约30粒，红棕色，呈扁平三角形。臭特殊，味极酸。
显微镜鉴别：皱皮木瓜粉末特征：棕红色。外果皮细胞多角形，有棕色内含物。中果皮薄壁细胞浅棕色，类圆形或长圆形。石细胞类圆形，直径28～52μm，或长圆形、三角形；长48～72（~75)μm，宽28～36μm，壁厚6～16μm，集群或单个散在，纹孔及孔沟明显。网纹导管多见，梯纹导管少见，导管分子长120～132μm，宽8～10μm。草酸钙方晶长13～15μm，宽8～11μm。
理化鉴别：取皱皮木瓜粉末2g，加70%乙醇20ml，回流1h，滤过，将滤液滴于滤纸上，待干，喷洒1%三氯化铝乙醇溶液﹐干燥后，置于紫外灯(254nm)下观察，应显天蓝色荧光。
